根據國際慣例，中國對大多數出口產品實行增值稅退稅或免稅，僅對少部分不鼓勵出口的貨物征收出口增值稅。根據增值稅征管相關法律法規(guī)，國家已經明確取消出口退稅的貨物，按國內銷售稅率征收增值稅（或免征增值稅）。自上世紀90年代開始少量出口尿素以來的二十多年里，中國尿素出口經歷了13%全額出口退稅、部分退稅和取消退稅，2014年相關部門又開始醞釀恢復征收增值稅。
　　中國尿素出口增值稅退稅始于稅制改革的1994年，直至2004年3月15日停止退稅。1994年1月1日起，《增值稅暫行條例》實施，國內生產銷售尿素產品由產品稅改按13%低稅率征收增值稅。同時，與其他化工產品一樣，出口尿素實行增值稅零稅率，即退還國內生產銷售環(huán)節(jié)實際負擔的增值稅（13%退稅率）。1995年7月1日起，在其他商品普調過程中，尿素出口增值稅退稅率下調至10%；1996年1月1日起，再次下調至6%。盡管有出口退稅政策，但當時中國是尿素凈進口國，只有在國內銷售淡季部分沿海工廠少量出口。1994-1996年度，全國尿素年度出口量分別為5.6萬噸、4.7萬噸和19.7萬噸。
　　1999年至2003年，在出口退稅政策的促進下，中國尿素出口迅速增加。亞洲金融危機后，為了促進出口，國家又多次上調出口商品的退稅率，尿素出口退稅率又分別于1999年1月1日和1999年7月1日起上調至9%和13%。1999年7月1日至2003年年底，這四年半的時間內，尿素出口13%全額退稅。再加上國內生產環(huán)節(jié)增值稅2001年度先征后返、2002年度先征后返50%的疊加效應，中國尿素出口競爭增強，出口量快速增加。2001年度中國尿素出口首超百萬噸大關，達127.1萬噸；2003年度出口量達273.0萬噸。
　　2004年起，將“三農”工作列為“重中之重”新一屆黨中央和國務院，把農業(yè)生產資料的國內供應和價格調控作為保障三農利益的一種措施，尿素的出口政策從此進入了限制出口的新階段。加入了WTO后，中國外貿出口快速增長，全額退稅也成了財政支出的一大負擔。2003年底，國家啟動出口退稅制度改革，整體降低了出口退稅率水平，實行了部分退稅代替全額退稅、增設不予退稅品種等結構性調整。2004年1月1日起，尿素出口由13%全額退稅調低為11%退稅率；2004年3月16日起，尿素出口退稅暫停一年，這也是唯一一次在國務院文件直接明確尿素產品出口退稅政策。由于國際尿素市場價格較高，暫停退稅雖然相應降低了競爭力，但2004年度中國尿素出口量仍創(chuàng)歷史紀錄，全年出口394.3萬噸。隨后，尿素暫停退稅逐年順延至今，成了長期不予退稅的貨物。
　　根據財政部、國家稅務總局《關于出口貨物退（免）稅若干具體問題的通知》（財稅[2004]116號），已經明確出口不予退稅的貨物，視同國內銷售征收增值稅。2004年3月16日當時的尿素國內銷售增值稅政策是：尿素生產企業(yè)生產銷售尿素是先征后返50%政策，取消退稅后再出口的尿素13%征稅后再按實際稅負的一半返還生產企業(yè)；而貿易企業(yè)批發(fā)、零售尿素按財政部、國家稅務總局《關于農業(yè)生產資料征免增值稅政策的通知》（財稅[2001]113號）規(guī)定免征增值稅，取消退稅后再出口尿素的貿易企業(yè)也視同國內批發(fā)免征增值稅（同時從生產企業(yè)取得的進項稅不得抵扣，直接計入成本）。
　　2005年7月起，由于尿素國內銷售變?yōu)槊舛悾隹谀蛩匕炊惙ㄒ?guī)定也免征增值稅。經國務院同意，2005年5月23日財政部、國家稅務總局發(fā)布《關于暫免征收尿素產品增值稅的通知》（財稅[2005]87號），自2005年7月1日起，對國內企業(yè)生產銷售的尿素產品增值稅由先征后返50%調整為暫免征收增值稅。此時再出口尿素產品，不管是生產企業(yè)還是貿易企業(yè)均執(zhí)行視同內銷的免征增值稅政策。
　　2014年國家有關部門開始醞釀化肥行業(yè)增值稅改革。若恢復征收增值稅的政策得以通過并實施，根據《增值稅暫行條例》所有化肥產品（除已經列入民爆用品管理的硝酸銨）適用13%低稅率，尿素出口也視同內銷按13%稅率征收增值稅。同時，尿素生產企業(yè)購時煤炭、電力、天然氣、包裝袋等所支付的價款中對應的增值稅進項稅額可以抵扣，另外企業(yè)支付的動產設備、原料及成品的運輸費用也可以按增值稅專用發(fā)票注明的稅額作為進項抵扣。從一般納稅人購進的煤炭、電力、包裝、動產設備對應的增值稅稅率為17%，天然氣稅率為13%，營改增后的運輸費用為11%。以煤炭和運費為例，免稅時計入成本的585元/噸和111元，征稅后分別扣除進項85元/噸和11元，計入成本時分別為500元/噸和100元。所以，從財務成本角度講，同樣毛利情況下，恢復征收增值稅尿素產品的生產成本是下降的，含稅售價會小幅上升。
　　但是，按照增值稅征管原理，自恢復征收之日起再銷售（含出口）的尿素產品，就要按收到的總價款分按100：13分出銷售價款和增值稅額。但是，恢復日之后再購進的原材料、運輸服務等才可以抵扣，而之前購進的存貨并不能抵扣。所以，企業(yè)持有的恢復日之前的存貨銷售對應的增值稅會增加企業(yè)負擔。根據財政部、國家稅務總局《關于出口貨物勞務增值稅和消費稅政策的通知》（財稅[2012]39號），一般納稅人出口不予退稅的貨物銷項稅額公式計算為：
　　銷項稅額=出口貨物離岸價÷（1+適用稅率）×適用稅率
　　2015年1月1日起若恢復征收13%增值稅，出口關稅和出口環(huán)節(jié)增值稅均成了FOB的價內稅。企業(yè)不僅要從FOB價中內扣出80元/噸的關稅上交給海關，還要將出口銷項稅額與可抵扣的進項稅額之差交給國家稅務局。對于企業(yè)之前購入的尿素存貨來說，則承擔了更不合理的過重稅負。由于沒有進項抵扣，恢復征收增值稅前購進用于出口的尿素存貨，每噸則要增加300元左右的稅負。