生物肥料（微生物肥料）的功效是一種綜合作用，主要是與營養(yǎng)元素的來源和有效性有關(guān)，或與作物吸收營養(yǎng)、水分和抗病（蟲）有關(guān)。總體來說，生物肥料（微生物肥料）的作用為以下幾點(diǎn)： 

　　1．增進(jìn)土壤肥力施用固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素來源；解磷、解鉀微生物肥料，可以將土壤中難溶的磷、鉀分解出來，轉(zhuǎn)變?yōu)樽魑锬芪绽玫牧?、鉀化合物，改善作物的營養(yǎng)條件。 

　　2．制造和協(xié)助農(nóng)作物吸收營養(yǎng)根瘤菌侵染豆科植物根部，固定空氣中的氮素。微生物在繁殖中能產(chǎn)生大量的植物生長激素，刺激和調(diào)節(jié)作物生長，使植株生長健壯，促進(jìn)對營養(yǎng)元素的吸收。 

　　3．增強(qiáng)植物抗病和抗旱能力微生物肥料由于在作物根部大量生長繁殖，抑制或減少了病原微生物的繁殖機(jī)會；抗病原微生物的作用，減輕作物的病害；微生物大量生長，菌絲能增加對水分的吸收，使作物抗旱能力提高。 

　　4．減少化肥的使用量和提高作物品質(zhì)使用微生物肥料后對于提高農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)，如蛋白質(zhì)、糖分、維生素等的含量上有一定作用，有的可以減少硝酸鹽的積累。在有些情況下，品質(zhì)的改善比產(chǎn)量提高好處更大。